На 9 јуни 1999 година во кампот на француската бригада на НАТО што беше стационаирана на спортскиот аеродром Аџитепе кај Куманово, по петдневни преговори, генералите на СР Југославија и НАТО го потпишаа тн. Воено-технички договор за повлекување на тогашните југословенски (СР Југославија односно Србија и Црна Гора) воени и безбедносни сили од јужната српска покраина Косово.
Со потпишувањето на овој договор престанаа бомбардирањата на територијата на СР Југославија, пред се на Србија, од силите на НАТО.
Операцијата со кодно име „Сојузничка сила“ на НАТО против СР Југославија почна на 24 март 1999 година и заврпи на 10 јуни истата година, позната како Косовска војна. Тоа е втора поголема борбена операција во историјата на НАТО, по бомбардирањето на босанските Срби во 1995 година.
При бомбардирањето на НАТО вршени се напади врз воени цели, но на удар се најдоа и стопански и цивилни објекти. Во нападите што траеја 78 дена без прекин, тешко се оштетени бројни инфраструктурни објекти, стопански објекти, училишта, здравствени установи, медиумски куќи, споменици на културата, цркви и манастири. Најголем број од ѓртвите во бомбардирањето беа цивилни, а нивниот број според разни извори е од 500 до 1.200 загинати.
НАТО бомбардирањето врз СРЈ беше без согласност од Обединетите нации. Бомбардирање немаше согласност и од американскиот Конгрес кој ги отфрли намерите на тогашниот американски претседател Бил Клинтон да се предложи напад на СРЈ.
Во текот на 1998 и 1999 година на Косово се појави тн. УЧК или Ослободителна војска на Косово (ОВК) составена од етнички Албанци, која со одделни акции се спротивуваше на силите на српската полиција и војската на СРЈ. Тврдејќи дека герилците се закана за локалните Срби на Косово, како и за заштита на интегритетот на СРЈ, тогашниот претседател на СРЈ, Слободан Милошевиќ презеде поголеми воени и полициски операции на Косово против УЧК.
Тоа беше повод НАТО да објави напад на силите на Милошевиќ, со образложение дека на Косово се случува етничко чистење и хуманитарна катастрофа. Членките на НАТО, пред се САД, бараа Советот за безбедност на ОН да донесе одлука за воена интервенција против СРЈ. Поради противењето на Кина и Русија таква резолуција не беше донесена, по што државите членки на НАТО пристапија кон самостојна воена интервенција.
Директен повод за интервенцијата според НАТО е одбивањето на Југославија да постигне договор со политичките претставници на косовските Албанци на преговорите во Рамбује. Според понудениот предлог-договор се барало влегување на трупите на НАТО во Косово и нивно слободно движење по целата територија на СРЈ, како и референдум по три години на Косово со цел утврдување на неговиот конечен статус.
Многу аналитичари, вклучувајќи го и Ноам Чомски, сметаат дека овој договор имал карактер на ултиматум и дека се сметало тоа дека делегацијата на СРЈ нема да сака да го потпише. Конечно, југослоевенската страна ги прифатила сите услови, освен оној за слободно движење на НАТО војниците низ СРЈ, по што преговорите пропаднале.
Главна сила во операциите на НАТО беа САД, но во нив во одреден степен биле вмешани сите членки на НАТО, меѓу кои и Грција, и покрај тоа што таа јавно се противеше на бомбардирањето, како и Германија за која овој напад беше прва неодбрамбена воена акција по Втората светска војна.
Бомбардирањето беше главно сконцентрирано на територијата на Србија (особено на Косово), додека другата членка на федерацијата, Црна Гора, речиси и не бешеа бомбардирана, бидејќи НАТО сакаше да ја зајакне позицијата на црногорскиот претседател Мило Ѓукановиќ наспроти позицијата на Слободан Милошевиќ.
По почетокот на бомбардирањето започна масовен бран на бегалци од Косово кон Македонија и Албанија. Има спротиставени тврдења за тоа дали бегалскиот бран беше предизвикан од бомбардирањата на НАТО или поради прогон од страна на српските полициски и паравоени сили на цивилното население.
Во април 1999 година ОН извести дека 850.000 лица, најмногу од нив Албанци, ги напуштиле своите домови. Голем дел од нив пребегнаа во Албанија и во Македонија. Во Македонија се проценува дека пребегнале околу 360.000 бегалци, од кои најголемиот дел беа сместени во бегалски кампови.
НАТО тврдеше дека поседува високо-софистицирано оружје (паметни бомби и слично) кои ќе го минимизира бројот на цивилни жртви, но факт е дека во текот на бомбардирањата имаше голем број цивилни жртви од бомбардирањата. Помеѓу инцидентите предизвикани од страна на НАТО се воздушниот напад од почетокот на мај врз бегалски конвој од етнички Албанци, при кој беа убиени 50 лица, бомбардирањето на кинеската амбасада во Белград на 7 мај, бомбардирањето на зградата на РТВ Србија и други. При нападите се користени и касетни бомби, како и бомби со осиромашен ураниум.
На 28 април 1999 година, бугарскиот главен град Софија беше погоден по грешка од страна на НАТО, а тоа од Алијансата беше признато дека една од бомбите завршила во Софија, а било планирано да погоди цел во СРЈ. За среќа, како што тогаш беше соопштено, немало жртви само било предизвикано шок кај едно дете.
Освен овој во Бугарија во текот на акцијата на НАТО врз СРЈ имало и други инциденти, но без човечки жртви. Бугарската политичка сцена беше поделена во врска дали да ја поддржи воената акција во СРЈ.
Силите на НАТО, исто така по грешка, исфрлија проектил и врз Албанска воена база на границата меѓу СРЈ и Албанија во регионот околу караулата Кошаре.
Проектили на Алијансата повторно по грешка завршија во фарма во Унгарија на 27 мај. Слични инциденти се случиле и во Хрватска, Босна и Херцеговина, Албанија и во Македонија.
На денешен ден пред 20 години СРЈ и НАТО во Куманово потпишаа договор за примирје со кој се стави крај на бомбардирањата. Според договорот на територијата на Косово треба да се разместат 45.000 војници предводени од НАТО и со мандат од Обединетите нации. Во врска со тоа се постигнува согласност Советот за безбедност на ОН да донесе соодветна резолуција. Врз основа на тоа, на 10 јуни е усвоена Резолуцијата 1244.
Со повлекувањето на силите на СРЈ односно српската полиција ивојска и паравоените единици од Косово, тоа практично стана протекторат под управа на ОН, а воено обезбедувано од силите на НАТО.
Но, потоа косовските Албанци на ист начин им возвратија на косовските Срби, протерувајќи ги од нивните домови, па десетици илјади Срби беа протерани и раселени.
По Косовската војна, КФОР и ООН на административната линија меѓу Косово и централна Србија воспоставија копнена и воздушна зона на безбедност, а тоа му помогнало на терористите од ОВПМБ (Ослободителна војска на Прешево, Медвеѓа и Бујановац) да започнат акции во јужна Србија во делот околу овие три општини со албанско етничко население.
Бил потпишан Кончуљскиот договор кој им дал амнестија на локалните Албанци во Србија и поголеми права. Веднаш по завршувањето на конфликтот во јужна Србија, на 5 октомври 2000 година падна и режимот на Слободан Милошевиќ, со што се создадоа услови за демократизирање на државата.
Црна Гора со Мило Ѓукановиќ, кој долго време му беше верен сојузник на Милошевиќ, почна се повеќе да притиска за независност на Црна Гора од СРЈ. Набргу потоа, односно во почетокот на 2001, почнува конфликтот и во Македонија, кога упаднаа терористи на УЧК од Косово и беа отворени неколку фронтални линии на територијата на Република Македонија.
А во февруари 2008 година Косово прогласи самостојна држава, а ЕУ го презеде надзорот во управувањето преку свои цивилни мисии.
Србија, поддржана од Русија, и понатаму останува во спор со САД и со ЕУ за суверенитетот врз Косово, тврдејќи дека прогласената независност не е во согласност со меѓународното право.
